Grandes equívocos vem sendo cometidos pelos governos estadual e federal no setor de logística de transportes na Bahia. Durante o governo FHC, na privatização das ferrovias, a malha ferroviária baiana, com pouco mais de 1.500 km, foi privatizada junto à malha dos estados de Minas Gerais, Espírito Santo. Não foram estabelecidas metas de produtividade e investimentos para o trecho baiano e sim metas globais. A empresa vencedora da licitação, Ferrovia Centro Atlântica, subsidiária da Companhia Vale do Rio Doce, optou por realizar investimentos e melhorias operacionais nos estados de Minas Gerais e Espírito Santo, onde a CVRD movimentava milhões de toneladas de ferro, o que resultou na desativação quase completa da malha ferroviária baiana. Depois de 28 anos da concessão, a Vale busca a renovação do contrato o que perpetuaria o estado de abandono das ferrovias na Bahia.
No segundo governo Lula, quando foi realizada a maior concessão rodoviária do Brasil, envolvendo trechos da BR 324 entre Salvador e Feira de Santana, e da BR 116 entre Feira de Santana a Cândido Sales, com quase 600 km dê extensão, optou o Ministério dos Transportes por estabelecer como fator decisivo a menor tarifa a ser cobrada. Também não foram fixadas metas de investimentos compatíveis com a importância do trecho rodoviário concessionado. Como resultado, nenhuma das grandes empresas brasileiras atuantes no setor rodoviário participou do leilão, que foi vencido por uma empresa espanhola, sem tradição no setor de transportes, que ainda ofereceu um deságio expressivo na tarifa de pedágio de referência. Depois de quase quinze anos de privatizada, as rodovias receberam poucos investimentos, e a concessionária nunca atingiu as precárias metas fixadas no edital. A empresa espanhola ISOLUX, vendeu a alguns anos para um fundo canadense a concessão, tendo sido autorizada pela Agência Nacional de Transportes Terrestres - ANTT, mesmo estando com o contrato inadimplente.
Quando assumiu o Governo do Estado da Bahia em 2006, quebrando um longo domínio do grupo carlista no estado, Jacques Wagner, decidiu escampar a proposta da Bahia Mineração, empresa com grandes reservas de minério de ferro na região de Caetité, de construir uma ferrovia de bitola larga, ligando a região produtora de minérios até um Porto de águas profundas, a ser construído próximo à cidade de Ilhéus.
Durante o governo Paulo Souto, a Superintendência de Transportes tinha elaborado um ambicioso e inovador Programa Estadual de Logística de Transportes - PELTBAHIA, que tinha como seu mais emblemático projeto, uma ferrovia ligando a região de Luiz Eduardo Magalhães até a cidade de Brumado e a completa requalificação, em bitola larga, do trecho entre Brumado e o Complexo Portuário da Bai de Todos os Santos.
A opção por um Porto de águas profundas na região de Ilhéus se mostrou equivocada, considerando ser a Costa do Cacau uma região de mata atlântica vocacionada para o turismo e a preservação ambiental.
Às dificuldades para se obter licenças ambientais para o Porto e o grande atraso na construção da ferrovia, envolvida em graves denúncias de corrupção vem provocando sucessivos atrasos no cronograma da obra de infraestrutura.
Outro gigantesco equívoco do governo estadual é o projeto da ponte rodoviária ligando Salvador a Itaparica.
Projeto inicialmente apresentado ao governo por uma grande empreiteira baiana, vem sendo muito questionado por representantes da sociedade civil.
Além de não contemplar o modal ferroviário, o projeto já licitado, que teve um consórcio chinês como vencedor, acabou tendo suas especificações modificadas, com a diminuição das faixas de rodadagem e diminuição da altura do vão central.
